Ученый совет Института был создан в 1989 году, открытие которого позволило ИРО РТ войти в первую пятерку институтов повышения квалификации России, имеющих совет.
Ученый совет – выборный представительный орган – является органом самоуправления ИРО РТ, осуществляет общее руководство Институтом. На его заседаниях рассматриваются основные вопросы учебной, учебно-методической, научно-методической, научно-исследовательской, инновационной деятельности, а также вопросы замещения должностей и представления на ученые звания научного и профессорско-преподавательского состава Института.
Председатель Ученого совета – ректор Скобельцына Елена Германовна, ученый секретарь – доцент Попова Александра Александровна. В состав Ученого совета входят проректора, заведующие кафедрами, начальники отделов, представители профессорско-преподавательского состава других вузов, органов образования, директора школ – всего 19 членов. Из них 5 докторов наук и 14 кандидатов наук. Срок полномочий Совета составляет 5 лет.